Le récit est celui de Jim Hawkins, fils d’un tenancier de l'auberge « L'Amiral Benbow » dans un port anglais au XVIIIe siècle. Un beau jour, un vieux loup-de-mer nommé Billy Bones débarque à l'auberge et s'y installe. Jim est fasciné par le marin colérique, violent et ivrogne; d'autant qu'il semble peser sur ce dernier une obscure menace. Celle-ci se précise lorsque Pew, un mystérieux aveugle, remet à Billy Bones « la marque noire », annonciatrice de mort dans le monde des pirates. Alors que les heures de Billy Bones sont comptées, il meurt, foudroyé par une crise d'apoplexie. En ouvrant le coffre du pirate, Jim et sa mère découvrent une carte indiquant la cachette d’un fabuleux trésor que la bande du fameux capitaine Flint a enfoui dans une île déserte. Avec l’aide du docteur Livesey et du chevalier Trelawney, le châtelain du village, un navire baptisé l'Hispaniola est affrété pour partir à sa recherche. Au cours de la traversée, Jim surprend une conversation entre le cuisinier, un personnage pittoresque à jambe de bois appelé Long John Silver, et des hommes d'équipage : il apprend ainsi que la plupart des marins à bord de l'Hispaniola font partie de la bande de Flint et qu'une mutinerie se prépare pour s'emparer du trésor. Jim avertit ses amis du danger qui décident de ne pas agir avant d'être à terre tout en restant sur leurs gardes. Lorsque l’île est atteinte, la lutte s’engage entre les deux groupes. Divers épisodes plus indécis les uns que les autres se déroulent, et pour finir le trésor tombe entre les mains des gentilshommes de naissance. Silver disparaît et l'Hispaniola reprend la mer avec sa précieuse cargaison.
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